第 2 季包含《毁灭木叶行动篇》和《纲手搜索篇》 《毁灭木叶行动篇》（日语：木ノ葉崩し編）火影忍者第三篇章，在2003年10月8日－2004年4月21日期间播出，改编自原作漫画的第90－138章。故事直接延续中忍考试预选过后，所有晋级者各自修炼后参加正式选拔赛。但比赛过程中，敌人突如其来展开的“毁灭木叶行动”迫使考试中断，导致各个下忍、上忍以及三代火影，为了保护木叶村而与敌人展开背水一战。 《纲手搜索篇》（日语：綱手搜索編）作为火影忍者第四篇章，在2004年4月28日－10月27日期间播出，改编自原作漫画的第139－171章。主要讲述经过毁灭木叶行动过后，为了使群龙无首的木叶村重回全盛时期，鸣人跟随之前陪他修炼的师父自来也，一起去寻找离村多年的初代火影孙女纲手，打算让她接任火影之位。但另一边，毁灭木叶的罪魁祸首大蛇丸，同样把魔掌也伸向纲手。后半段为动画首个原创剧情篇章，在2004年9月15日－10月27日期间播出。主要讲述纲手接任五代火影之后，鸣人、小樱以及康复的佐助，负责保护茶之国少年森乃伊驮天而让他赢下一场赛跑，避免外面的敌人前来干预伊驮天的比赛。
