Yıllar sonra Gizemli Benedict Derneği yeniden bir araya gelir. Ancak Bay Benedict ve Number Two’nun Avrupa’da kaybolması üzerine çocuklar onu bulmak için yollara düşer. Yeni düşmanlarla karşılaştıkları yolculuklarının sonunda onları Dr. Curtain’in operasyonun etkisi altında bulurlar. Ancak kontrolsüz metotların sonu korkunç olur. Bu durum üzerine Bay Benedict ve binlerce kişi değişmeden önce çocuklar onu durdurmaya çalışır.
