Gelecek taksitin hikayesi, 2028 kışında savaş sonrası yeniden yapılanma belirtileri arasında geçiyor. Yabancı kartellerin çıkarlarıyla ilgili gösteriler yapılırken New Port City'de gerilim artıyor. Bu, çevik kuvvet polisinin dahil olduğu bir silahlı çatışma olayına yol açar. Her şey terörist "Fire Starter" tarafından salınan bir siber beyin enfeksiyonuyla başladı. Makoto Kusanagi liderliğindeki bağımsız bir saldırı birimi, durumun bastırılmasını hayaletlerine emanet eder ve kendi adaletlerini hedefler. Olayın yüzeyinin altında "teneke kız" Emma ve "korkuluk adam" Burinda Junior yatıyor. Kusanagi olayla uğraşırken, bu iki hayaletin aradığı şeye yaklaşır.
