Sezonul doi începe după ce Lord Asriel a deschis o punte către o lume nouă și, tulburată de moartea celui mai bun prieten al ei, Lyra o urmărește pe Asriel în necunoscut. Într-un oraș abandonat ciudat și misterios îl întâlnește pe Will, un băiat din lumea noastră care fuge și el dintr-un trecut tulbure. Doamna Coulter o caută pe Lyra, hotărâtă să o aducă acasă prin orice mijloace necesare.