In het jaar 2066 verlaat de Republiek Hontworl, een medeoprichter van de Verenigde Naties, de organisatie zonder haar motieven uit te leggen. Dit veroorzaakt verontwaardiging binnen de VN en zet de veiligheid van de wereld op scherp. Kort na dit incident wordt Myori, de hoofdstad van de Republiek Triad, aangevallen door een vogelachtig, vliegend fort dat bekend staat als de Turtle King. De Internationale Wetenschapsorganisatie, onder leiding van Dr. Kouzaburou Nanbu, heeft de taak deze mysterieuze vijand aan te pakken. Tegelijkertijd verdwijnen de leidende wetenschappers van de ISO. De vijf leden van het Science Ninja Team, de Gatchaman-krijgers, worden opgeroepen om de zaken tot op de bodem uit te zoeken.
