De bemanning van het kolonieschip Covenant is op weg naar een verre planeet aan de andere kant van de Melkweg. Ze ontdekken daar, wat zij denken, een onbekend paradijs, maar wat eigenlijk een duistere gevaarlijke wereld is. De enige bewoner blijkt de 'synthetische' David (Michael Fassbender) te zijn, een overlevende van de gedoemde Prometheus expeditie.
