수백 만년전 지상에 있었다고 전해지는 레무리아 대륙의 후손들인 시토피아 인들은 현대 인류들 모르게 지구 지하에서 살아오고 있었다. 그러나 지상의 인류들이 핵실험을 거듭하자 지하가 흔들려 생존의 위협을 받게 되고, 이에 시토피아 인들은 괴수 메가로를 지상으로 올려보내 인류를 공격하게 한다. 제트쟈가(제트 재규어)라는 로봇을 개발한 이부키 고로 박사는 제트자카를 괴수섬으로 보내 고지라에게 메가로를 물리치는 것을 도와달라고 요청하게 한다. 괴수섬에서 먼저 돌아온 제트쟈가는 사실 제작자 고로 박사도 모르던 거대화 능력이 있었고(…) 거대화해서 메가로와 싸운다. 또 괴수섬으로부터 고지라가 와서 메가로를 협공한다. 이에 시토피아 인들은 우주에 있는 M성운인들부터 가이강을 빌려와서(…) 메가로의 증원으로 붙여준다. 싸움 끝에 메가로는 봉인당하고, 가이강은 다시 도망간다. 고지라는 제트쟈가와 작별인사한채 헤어지며 괴수섬으로 돌아간다.
