생쥐 버나드와 비앙카의 직업은 유엔 본부의 지하실에 자리잡은 국제 생쥐 구조대의 비밀첩보 요원. 어느날 마담 메두사에게 시달림을 받고 있던 고아 소녀 페니가 보낸 구조 요청 편지가 도착한다. 그녀는 엄청난 가치의 보석의 행방을 알고 있다는 이유로 악당 마담 메두사에게 납치돼 시달림을 당하고 있는 상태. 딱한 사정을 알게 된 국제 생쥐 구조대는 버나드와 비앙카 요원을 급히 파견하고 둘은 그녀를 구해내기 위한 일생일대의 모험을 시작한다. 신천옹 오빌, 잠자리 에빈루드와 같은 친구들의 전폭적인 도움을 받으며 버나드와 비앙카는 악어들의 호위 속에 접근조차 어려운 마담 메두사의 소굴로 들어가는데...
