Shirou Emiya è un normale studente che viene improvvisamente trascinato in una guerra per ottenere il Santo Graal, un oggetto capace di esaudire qualunque desiderio. Tutti i partecipanti devono usare spiriti eroici chiamati Servant per combattere tra di loro, tuttavia, dato che Shirou è un novizio e privo delle abilità magiche necessarie, dovrà appoggiarsi a Rin Tohsaka per sopravvivere le battaglie. Questa però è solo una soluzione temporanea, dato che prima o poi dovranno comunque affrontarsi. Questa serie sarà incentrata soprattutto su Saber e in essa verranno spiegate le basi della guerra del Santo Graal, ma a differenza delle serie uscite successivamente, questo anime tenterà di adattare tutte e tre le route contemporaneamente.
