Miracles segue Paul Callan, un ricercatore di miracoli moderni per la Chiesa cattolica che mette in dubbio la sua fede dopo aver trovato ripetutamente spiegazioni banali per vari presunti fenomeni. Dopo essere stato testimone di un vero miracolo soprannaturale che gli salva la vita, ma le sue scoperte vengono respinte per mancanza di prove, Paul lascia la Chiesa e viene avvicinato da Alva Keel per unirsi alla sua organizzazione Sodalitas Quaerito, indagando e catalogando 'inspiegabili' fenomeni. Insieme all'ex agente di polizia Evelyn Santos, Paul e Alva tentano di combattere l'imminente 'oscurità' prima che sia troppo tardi.
