Negi Springfield è un bambino prodigio di 10 anni, diplomato alla Magic Academy. Completato parte dei suoi studio, viene mandato come insegnante in una scuola in Giappone, conosciuta come Mahora Academy, per continuare il suo addestramento da mago. Un anno dopo, due rappresentanti dell'Accademia Magica si recano a Mahora e comunicano a Negi che un potente artefatto, noto come il Cristallo delle Stelle, è scomparso. Per ragioni sconosciute, il potere del manufatto colpisce Negi e i suoi studenti. Così lui e la sua classe si ritrovano a combattere contro un potere oscuro e ignoto.
