Le temps de l'éveil d'Ayato est arrivé. Les chasseurs ennemis découvrent un nouveau mecha jusqu'alors inconnu. Leur tentative d'attaque est vouée à l'échec quand surgit un rayon lumineux surpuissant détruisant tout sur son passage. RahXephon, car il s'agit de lui, s'en prend alors à Fortissimo qu'il détruit en quelques secondes. Ayato est récupéré par les services spéciaux et se retrouve à l'hôpital, où il cherche son amie Reika. N'ayant aucune séquelle, il est libre de sortir de l'hôpital quand il le souhaite. Ayato se pose des questions sur cet étrange mecha à la forme humaine et doté d'ailes.
