El avistamiento de alienígenas ahora es una realidad. Tras conseguir escapar, por muy poco, de la amenaza de los extraterrestres al bebé de Scully, madre e hijo parecen estar aparentemente bien. Fox Mulder se ha tenido que ocultar ante la amenaza inminente. Por su parte, Scully se incorpora nuevamente a la academia del FBI. Los encargados ahora de los Expedientes X son el agente John Doggett y su compañera, Mónica Reyes. Con la ayuda de Mulder, los agentes prosiguen con el legado marcado por el propio Fox y Scully mientras lo oculto y el propio FBI planean impedirlo.
