Æon Flux está ambientado en un extraño y distópico mundo futuro de criaturas mutantes, clones y robots. El personaje principal es una agente secreta de Mónica, alta, vestida con un traje insinuador, hábil en asesinatos y acrobacias. Su misión es infiltrarse en las fortalezas del vecino país de Bregna, liderado por su némesis a veces amante, Trevor Goodchild. Mónica aparentemente representa una sociedad anarquista dinámica, mientras que Bregna encarna un estado centralizado y científicamente planeado. Los nombres de sus respectivos personajes reflejan esto: Flux como la agente autodirigida de Monica y Goodchild como el líder tecnocrático de Bregna.
