Shins Leben gerät wieder aus den Fugen, als auch sein Vater an einer neuen Krankheit namens »Sekundentod« stirbt. Noch bevor er den Schock verdauen kann, erfahren er und Kotori das Geheimnis hinter dem plötzlichen Tod seiner Eltern, als ihnen Agenten aus einem dystopischen High-Tech-Japan begegnen, welches in einem Paralleluniversum existiert. Unter den Agenten ist auch Jin, Shins »alternative Version«, der gegen die humanoiden Waffen Miko und Niko kämpft. Da Jin das Gegenstück zu Shin ist und ihre Leben somit miteinander verbunden sind, hat Jin zwei Ziele: Shin zu verteidigen, um sich selbst und ihn zu schützen, und Kotori zu ermorden, um so die eiserne Herrschaft ihres Gegenstücks, Prinzessin Kotoko, zu beenden – seiner Todfeindin und Mörderin seiner Eltern.
