Vor fünf Jahren nahmen Shirou Emiya und sein mittlerweile verstorbener Ziehvater Kiritsugu ein Mädchen mit außergewöhnlichen Kräften bei sich auf, das völlig von der Außenwelt abgeschottet aufgewachsen war. Obwohl Shirou weiß, dass er Miyu nur als Mittel zur Rettung der Menschheit behandeln sollte, fühlen sich die beiden mehr und mehr wie richtige Geschwister miteinander verbunden. Doch noch bevor Shirou Miyus ersten eigenen Wunsch erfüllen kann, wird sie von der Familie Ainsworth entführt, die sie opfern wollen. Nun muss Shirou eine schwere Entscheidung treffen, denn die Grenze zwischen gerechten und unmenschlichen Taten scheint nicht mehr so klar zu sein, wie gedacht..
