Neo se společně s Trinity a Morpheem dostává do finálové bitvy proti počítačovým vládcům univerza. Zion je v podstatě dobytou baštou lidského odporu, vzbouřenci přicházejí o jednu loď za druhou a zrada číhá i v jejich řadách. Neo má navíc problém se svojí jedinečností. Není to však jenom manipulace? A jak rozlišit lidskost od pouhé iluze? Začíná akčnější a napínavější příběh, než oba dva předešlé...
