Рантаро е роден в семейство на посредствени нинджи. Родителите му се надяват един ден той да стане елитна нинджа и семейството му да се гордее с него. Рантаро оправдава очакванията на родителите си и влиза в Нинджа Академия. В академията той става приятел с Шинбей (Фута Кимура), син на заможно семейство и Киримару (Рой Хаяши), който е загубил баща си във войната. Студентите в академията се наричат Нинтама - което означава бъдещи нинджи. Рантаро и приятелите му се забавляват в академията, но имат затруднения с обучението си. Един ден се появява убиец, на име Юкитака Сайто (Такеши Кага) и неговия син, 4-ти курс в Нинджа Академията- Такамура (Такуя Мизогучи). Въпреки, че Юкитака Сайто ръководи собствен бизнес, в миналото с Такамура са били членове на Юсутаке нинджите. Юсутаке нинджите, получават задача да убият бащата и сина. Дали студентите от Нинджа Академията ще успеят да ги спасят?
